Die Gründungslegende von Stift Wilten geht auf den Riesen Haymon zurück. So berichtet die Sage, dass ein Riese namens Haymon, ein germanischer Einwanderer, nach einem Kampf mit dem einheimischen Riesen Tyrsus, den er dabei erschlagen hatte, zur Sühne ein Kloster erbaut habe (um 878).
Die Haymonstatue im Eingangsbereich der Stiftskirche - die ursprünglich auf einem Katafalk über dem vermuteten Haymongrab in der Turmkapelle lag - hält die Zunge des von ihm besiegten, in der Sillschlucht hausenden Drachen in der linken Hand.
Noch vor 1138 wurde auf Wunsch des Brixener Diözesanbischofs Reginbert ein Konvent von Weltpriestern von Prämonstratensern aus Rot an der Rot abgelöst. Ihre Gemeinschaft wurde am 30. April 1138 von Papst Innozenz II. bestätigt. Diese Gründungsurkunde ist heute noch im Original im Stiftsarchiv erhalten und verwahrt.
1180 überließ das Stift Wilten dem Grafen von Andechs Berthold III. Gebiete an der rechten Innseite, damit dieser die heutige Altstadt Innsbrucks errichten konnte.Unter anderem schenkte Graf Berthold dem Stift den sogenannten Wiltener Henkelkelch, eine sächsische Arbeit jener Zeit. Die Chorherren übernahmen damals die drei Urpfarren Wilten, Ampass und Patsch. Aus diesen gingen später die 21 Pfarreien hervor, die heute die Priester des Stiftes seelsorglich betreuen.
Eine große Blütezeit erlebte das Stift Wilten im 17. und 18. Jahrhundert. Aus dieser Zeit stammt auch das heute bestehende barocke Kloster. Dieses wurde erbaut, nachdem die romanischen Gebäude durch Brände, die später errichtete gotische Klosteranlage durch den Einsturz des Kirchturms zerstört worden war. Im Jahr 1665 konnte schließlich die barocke Stiftkirche eingeweiht werden. Während der Bayrischen Herrschaft (1807 - 1816) und unter dem Nationalsozialismus (1939 - 1945) war das Kloster aufgehoben, wurde geplündert und teilweise zerstört. Durch die Nähe zu Bahnhof und Brennerbahn geriet die Klosteranlage im 2. Weltkrieg mehrmals unter den Bombenhagel. Am 13. Juni 1944 wurde die Stiftskirche besonders schwer getroffen und konnte erst zum Weihnachtsfest 1952 wieder eröffnet werden.
Von 1982 bis 1988 wurde das ganze Kloster außer der Stiftskirche generalsaniert und zum 850-Jahre Jubiläum restauriert. Von 2005 bis 2008 wurde die Stiftskirche generalsaniert und erstrahlt seither in neuem Glanz.
Neben der Restaurierung der Gebäude aus Stein ist die Restaurierung des Klostergebäudes aus Menschen, die Erneuerung nach innen, eine Erscheinung, der sich die Chorherren des Stiftes jeden Tag aufs Neue zu stellen haben.
So leben, beten und wirken nun seit mehr als 875 Jahren die Söhne des Heiligen Norbert hier am Fuße des Bergisel.